このような回答をさせて頂きます！

Q1 取り壊し費用の取扱いについて

昨年、自宅を建て替えて、賃貸併用住宅を建築しました。

建て替えにあたり、自宅を取り壊したのですが、その取り壊しの費用は賃貸部分の割合で経費に してよいのでしょうか？

それとも、建物の取得費に加えて、減価償却していくのでしょうか？

A1 経費にすることも、取得費とすることもできません。

自宅を取り壊した場合、たとえ賃貸物件を建築する目的だとしても、家事費（プライベートの支出）と扱われてしまいます。

なお、災害による被害があって自宅を取り壊さなければいけない場合、取り壊し費用は雑損控除の適用があります。

国税庁ＨＰ雑損控除
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1110.htm

また、土地を売却するために、自宅を取り壊した場合の取り壊し費用は譲渡所得の計算で、譲渡費用として収入から控除できます。

目的によって控除できることがありますが、不動産所得の経費とすることはできません。

Q2 土地の負債利子の記帳方法

区分マンションを所有しています。申告において、土地分にあたる金利支払い部分は、帳簿・決算書へはどのように記載すべきなのでしょうか？

支払った金利はすべて帳簿に掲載して、あとから差し引くのか、毎月建物部分のみを計算して計上するのかなど、教えてください。でもあらかじめ計算してしまうと通帳とあわなくなります・・・

Q2 土地の利子は、赤字の場合の損益通算の対象にはなりません

経費であることにはかわりませんので、帳簿上は全て計上していきます。
申告書を作成するときに、赤字が出れば、申告書上で土地の利子を計算します。

帳簿は日々の事実を記載し、申告書上で土地の利子を調整するというイメージです。